1626년(인조 4)에 이이(李珥)·성혼(成渾)·김장생(金長生)을 추모하기 위해 지방 유림들이 세운 황산사(黃山祠)가 그 기원으로, 1665년(현종 6) ‘죽림’이라 사액되어 서원으로 승격하였다. 이때 조광조(趙光祖)·이황(李滉)까지 배향하였다. 이어 1695년(숙종 21)에는 송시열(宋時烈)을 추가 배향하였다. 이곳은 1653년(효종4년) 송시열과 윤선거((尹宣擧)가 만나 주희(朱熹)의 사상을 비판하고 개혁적 사상을 가진 윤휴를 두고 논쟁을 벌였던 곳이다. 윤휴는 논어, 맹자, 중용, 대학 사서의 경전을 주희와는 다르게 해석을 내렸는데 주희의 해석만을 절대적으로 신봉하던 송시열은 이를 받아들이지 못했다. 그때문에 송시열은 윤휴를 사문난적으로 몰았지만 윤선거는 경전의 새로운 해석을 내놓은 윤휴의 학문이 높다고 평가했다. 이때문에 두사람은 노론과 소론으로 갈라지는 계기가 되었다.