김해시 삼방동의 신어산(神魚山) 서쪽 자락에 있다. 신어산의 옛 이름이 은하산인 것으로 전해진다. 사찰의 창건연대는 불분명하다. 전설에 따르면 가락국 시조 수로왕의 왕후인 허황옥 오빠 장유화상이 창건했다고 하며, 당시의 이름이 서림사(西林寺)였다 한다.그러나 전설 속의 창건 연대가 불교 전래 이전인 서기 1세기라 전설로 생각되고 있다. 전설이 사실이라면 1900년이 넘은 우리나라에서 가장 역사가 오래된 사찰이다. 사찰에서 출토된 토기 파편을 토대로 삼국 시대에 창건된 절인 것으로 추정되기도 한다.
조선 중기 이전까지 있던 건물은 동림사와 함께 임진왜란 때 전소되었다. 지금의 건물은 조선 후기의 양식이다. 경상남도 유형문화재 제238호로 지정된 은하사의 대웅전 수미단에는 허황옥과 관련이 있는 것으로도 추정되는 쌍어 문양이 있다. 쌍어 문양은 허황옥의 출신지로 기록된 아유타가 인도의 한 왕국이라는 가설에서 종종 인용된다. 은하사가 위치한 신어산의 이름도 '신의 물고기'라는 뜻이다. 신어산을 배경으로 한 경관과 진입로의 소나무 숲이 아름다우며, 단아한 사찰의 모습이 찾는 이의 마음까지 씻어주는 듯하다. 영화[달마야 놀자]가 이곳에서 촬영되었다.
은하사의 대웅전은 1983년 12월 30일 경상남도유형문화재로 지정되었다. 대웅전은 정면 3칸, 측면 3칸의 단층 맞배지붕으로 된 목조 건물로서 다포계양식(多包系樣式)인데 공포는 내외삼출목(內外三出目)이며 내부 천장은 격자천장이다. 외부 쇠서받침의 윗몸에는 연꽃을 조각하였고 내외 살미로는 용과 봉황새의 머리를 새겨서 화려하게 장식하였다. 건물 내부는 불상 위에 9개의 보개(寶蓋)를 설치하였으며,삼세불,나한상 등 32점의 벽화가 있는데 이는 경남유형문화재로 지정되어 있다.현재의 건물은 이들 조각과 구조 수법으로 미루어 조선 후기에 건립된 것으로 추정된다.