거제현 관아는 조선시대 거제현의 일반 행정과 군사 업무를 총괄하기 위한 지방행정기관이며, 주요 건물은 임금의 전패를 보관한 객사인 기성관, 수령이 업무를 보던 동헌, 하급 관리가 업무를 보던 질청 등이 있다. 현재는 기성관과 질청이 남아 있으며, 거제면사무소가 있는 곳에 당시 동헌이 자리하고 있었다.
고려 말 왜구의 침략으로 인한 공도정책으로 행정상 공백지였던 거제에, 조선시대 세종 4년(1422)에 피난 갔던 거제도민들이 돌아오면서 관아가 설치되었다. 처음엔 현재의 수월 지역에 설치되었으며, 사등성을 거쳐 단종 1년(1453)에 고현성으로 관아가 이전되었으나, 선조 25년(1592) 임진왜란으로 고현성이 함락되어 관아의 주요 건물이 사라짐에 따라 현종 4년(1663)에 지금의 위치에 새로 지었다.
거제현 관아는 [진입로-관아-계룡산(수정봉)]이 일직선으로 배치되어 있어 서울의 [광화문-경복궁-북악산]과 유사한 지형적 배치 형태를 이루고 있으며, 조선시대 관아의 전형적인 건물 구조와 배치 등을 보여주는 곳으로, 그 역사적 가치를 인정받아 사적으로 지정되었다.