강화군청에서 약 7km 떨어진 고려산(436m) 동쪽 기슭에 있다. 416년(장수왕 4) 인도의 한 승려가 진나라를 거쳐 우리나라로 들어와 절터를 물색하던 중 고려산에 있는 연못에서 다섯 연꽃을 꺾어 공중으로 날렸는데, 그 연꽃이 떨어진 자리마다 사찰을 창건하였다 한다. 그중 푸른색 연꽃이 떨어진 자리에 절을 짓고 청련사라 불렀다. 창건 시기를 조선 시대 초기로 추정하기도 한다. 현재 이 절은 강화에서 유일한 비구니들의 수도처이다. 경내에는 대웅전을 비롯해 산신각, 종각, 요사채 등이 있다. 대웅전에는 강화 청련사 목조아미타여래좌상(보물), 청련사 큰법당 삼장탱(인천광역시 유형문화재), 청련사 큰법당 현왕탱(인천광역시 유형문화재)이 봉안돼 있다. 청련사 위쪽에 위치한 부속 암자인 원통암에는 청련사 원통암 감로왕탱(인천광역시 유형문화재)이 있다.