강화도 마니산 동쪽 기슭에 위치한 정수사(精修寺)는 신라 선덕여왕 8년(639) 회정선사가 창건한 사찰로 전등사, 보문사와 더불어 강화의 대표적인 사찰이다. 참성단을 참배한 회정대사는 마니산의 동쪽 지형을 보고 불자가 삼매 정수할 곳이라 하여 절을 짓고, 정수사란 이름을 지었다. 이후 조선시대 세종 5년(1423) 함허대사가 다시 지었는데, 건물 서쪽에서 맑은 물이 솟아나는 것을 보고 이름을 정수사(精修寺)에서 정수사(淨水寺)로 바꾸었다고 전한다. 헌종 14년(1848)부터는 비구니 스님들이 살면서 중수, 중창을 거듭했고 탱화를 봉안하며 절을 가꾸었다. 대웅보전은 1957년 보수 공사 때 숙종 15년(1689)에 적은 상량문이 발견되었다. 이에 따르면 세종 5년에 새로 지었다고 기록돼 있다. 규모는 앞면 3칸, 옆면 4칸으로 지붕은 옆에서 보면 사람 인(人)자 모양을 한 맞배지붕이고, 지붕 무게를 받치기 위해 장식해 만든 공포가 기둥 위에만 있는 주심포 양식으로 앞뒷면이 서로 다르다.