묵계서원은 보백당(寶白堂) 김계행(金係行) 선생과 응계(凝溪) 옥고(玉沽) 선생을 봉향(奉享) 하는 서원으로 조선 숙종 13년(1687)에 창건되었다. 보백당 선생은 조선 초기 성종 때 부제학(副提學)을 지낸 명신이며 응계선생은 세종 때 사헌부 장령을 지낸 바 있다. 고종 6년(1869)의 서원철폐령으로 사당(祠當)은 없어지고 강당만 남아 있었는데, 최근 없어진 건물들을 새로 짓고 서원을 복설하였다. 강당은 정면 5간, 측면 2간의 팔작 기와지붕 건물로 가운데 6간은 마루로 꾸미고, 좌우에 온들을 들인 일반적인 형태를 취하고 있으며, 서원 좌측에는 이를 관리하는 정면 6간, 측면 5간의 주사(廚舍)가 있다. 서원 왼쪽에는 정면 6칸, 측면 5칸의 ㅁ자형 주사(廚舍)가 있다. 서원 중 다른 건물은 모두 후대에 복원한 것이나 주사는 서원이 훼철될 때 헐리지 않고 남은 것이다. 고건물답게 부재를 다룬 수법에 격조가 있어서 자료적 가치가 크다.

묵계종택은 서원에서 멀지 않은 마을 한가운데에 자리 잡고 있는데, 정침과 사랑채인 보백당, 사당으로 구성되어 있다. 정침은 ㅁ자형의 팔작지붕 집으로, 보존 상태가 좋다. 보백당은 정면 3칸, 측면 2칸의 홑처마 팔작지붕 집이다. 두리기둥을 사용하였고, 우물마루를 깐 4칸 대청과 2칸 방으로 구성되어 있다. 가구(架構)는 5량가(五樑架)이며, 대청의 왼쪽 측면과 뒷벽에는 판벽에 문얼굴을 내어 미세기 창을 달았다. 사당은 정면 3칸, 측면 1칸의 홑처마 맞배지붕 집으로, 앞쪽에는 삼문이 있고 낮은 담으로 둘러쳐져 있다.