문수사는 해발 500m의 천호산 자락에 있는 사찰로 주변의 백련암과 백운사와 더불어 3대 보살을 신앙하는 사찰로 전해오고 있다. 여래좌상은 극락전에 봉안된 삼존불 중 본존불로서, 원래는 대웅전에 봉안하였으나 극락전을 새로 지어 모시게 되었다. 좌우에 있는 협시보살은 최근에 제작한 것이다.
목조여래좌상은 나무로 된 불상에 칠을 하였는데 오랜 시간이 지나면서 일부 탈락되었으나 보존 상태는 비교적 양호하다. 머리는 오른쪽으로 틀어 소라 모양을 한 나발이며, 부처님의 정수리에 볼록 튀어나온 부분인 육계는 조금 낮게 표현되어 있다. 사각형의 넓적한 얼굴과 오뚝한 콧날, 넓적한 콧방울, 굳게 다문 입 등은 조선 후기 17세기 불상의 특징을 지니고 있다. 양손은 허벅지에 닿을 듯이 낮춰서 엄지와 중지를 맞대고 있다. 오른손은 손바닥이 아래를 향하고 있다. 왼손은 손바닥을 위로 향한 아미타 수인을 결하고 있다. 양어깨에 걸친 통견의 법의가 양쪽 팔에 걸쳐서 결가부좌 한 무릎 아래까지 흘러내리고 있고 가슴 가운데에서 무릎까지 넓은 군의와 군의대가 있고 주름지듯 겹쳐진 옷자락도 눈에 띈다.
문수사 목조여래좌상은 안정감이 있고 균형 잡힌 불상으로 상의 자세와 세부 표현에서 17세기 중반 조각승 승일과 희장이 제작한 불상의 특징이 반영되어 있다. 그러한 점에서 문수사 목조여래좌상은 조선 17세기 중·후반에 조성된 불상으로 평가된다.