고려 공민왕 때 월곡리에 있던 학당사를 옮겨와 조선 중종 7년(1512) 중수 후 고창향교로 명칭을 변경한 뒤 현유의 위패를 봉안, 배향하고 지방의 유학교육을 실시하였다. 선조 22년(1589)에 중건하고 순종 때 현재의 대성전과 명륜당을 중수하는 등 그 후로 몇 차례 더 보수하였다. 현존하는 건물로는 대성전·동무·서무·명륜당·동재·서재·공복루·서적고 등이 있다. 대성전은 정면 3칸, 측면 2칸의 맞배지붕이며, 명륜당은 정면 5칸, 측면 3칸이고, 동재·서재는 정면 3칸, 측면 2칸이다. 전학후묘방식으로 명륜당의 경우 뒤쪽이 누각식이고, 좌우에 온돌방이 붙어 있는 형식이다.
이 향교의 특징은 다른 향교보다 비교적 많은 전적이 소장되어 있다는 점이다. 1982년의 조사결과 80종 464 책의 서적이 보관되어 있었는데, 그중 『향안』,『청금록』등은 지방사 연구의 귀중한 자료가 되며, 그 밖에 이 지방 학자들의 문집이 많이 소장되어 있다.