서수면의 축성산 기슭에 위치한 대한불교조계종 소속 사찰이다. 언제 세워졌는지 기록으로 남아 있는 것은 없지만 신라 진흥왕 24년(602) 혜공이 세웠고 고령 공민왕 원년인 1352년에 나옹화상이 다시 지었다고 전해지고 있다. 신라 스님이 이 시기에 백제에 와서 절을 지었다고 보기는 어렵다. 1352년에 나옹화상은 원나라에 있었다는 사실로 보아 전설로 생각되고 있다. 다만 절의 주변에 있는 밭에서 고려시대의 기왓장이 다수 발견되는 것으로 보아 틀림없이 고려시대는 운영을 했던 절이라 생각된다.
보천사의 법당 건물은 건축조각이 뛰어나 1924년 일본인이 이곳을 사들인 후 일본으로 가져가 버리는 사건이 있었다. 보천사의 본사이던 위봉사 주지 곽법경이 몰래 보천사 건물과 불상을 일본인에게 매각해 이런 일이 벌어졌다는 사실이 밝혀져 [매불사건]으로 불리며 여론이 악화되었다. 보천사는 이때 폐사가 되었고, 남아 있는 기구는 숭림사로 옮겨졌다.
현재의 보천사 건물은 1936년 옛 보천사 옆 언덕에 새로 짓고 1971년에 중수한 것이다.