독립관은 원래 1407년(태종 7년)에 중국 사신을 영접하기 위해 지어진 영빈관으로서 초기의 이름은 모화루였으나, 1429년(세종 11년) 확장 개축되면서 모화관이라 개칭되었다. 한말에 이르자 국제관계의 변화로 원래의 목적대로 사용되지 못하고 방치되어 있던 모화관을 서재필이 독립협회를 세우면서 독립관으로 개칭하고, 이곳에서 애국 토론회를 개최하여 자주·민권·자강 사상을 고취시키는 독립운동의 기지로써 사용하였다. 그러자 일본 제국 주의자들은 독립운동 탄압의 일환으로써 이 건물을 철거해버렸다. 세워질 당시의 위치는 현재의 위치에서 동남쪽으로 약 350m 떨어진 곳이었으며, 서대문 독립공원 조성 사업 계획에 의거 전문가의 고증 자문에 따라 지상층은 당초대로 한식 목조건물로 복원하여 순국선열들의 위패(位牌) 봉안과 전시실로 사용하고, 지하층은 행사 및 유물보관을 위해 1995년 12월 28일부터 1996년 12월 31일까지 서울특별시에서 건립하였다.