남선창고터는 1900년 함경도에서 배로 물건을 싣고 와서 보관하던 최초의 물류 창고로, 초기에는 북선창고라 불리었으며 경부선을 통해 서울까지 물류를 운반하기 전에 보관하는 곳이었다. 이후 경원선이 생기면서 윗지방에 북선창고가 만들어지자 이름을 남선창고로 변경하였다.
부산 최초의 근대적 물류창고인 남선창고는 1900년 초량객주 정치국이 초량동에 세웠다. 냉동고가 없던 시절에 바닥에 수로를 만들어 물기를 제거하고 서늘하게 유지하는 방법을 사용했다. 바로 옆 옛 백제병원과는 달리 2009년에 철거되어 지금은 붉은 벽돌로 쌓은 담장만 남아있다. 해방 전까지는 주로 명태창고로 활용되어 일명 명태고방으로도 불렸다. 이후 부산산업경제 변화의 흐름을 타고 화공약품, 합판, 신발, 러시아 보따리 상인들의 짐, 가전제품 등을 위탁 보관하는 일반창고의 역할을 해 왔다.
2008년 여름, 부산에 폭우가 쏟아져 건물이 수해를 입게 되면서 소유주의 이해관계로 인해 그해 12월부터 철거가 시작됐다. 2009년 4월에 철거가 완료되고 그 자리엔 대형마트가 들어섰다. 지금은 붉은벽돌 담 한 줄만 남아 있다.