청주 묵정서원은 조선 후기의 서원으로 1695년(숙종 21) 지방 유림의 공의로 신식(申湜)의 학문과 덕행을 추모하기 위하여 청원군 미원면 수산리에 [쌍천서원]으로 창건하여 위패를 모셨다. 선현 배향과 지방 교육의 일익을 담당하였으며 흥선대원군의 서원철폐령으로 1871년(고종 8)에 철폐되었다가 1942년 유림과 후손이 협력하여 현재의 위치에 복원하고 명칭을 [묵정서원]으로 개칭하였으며, 신덕린, 신포시, 신장, 신용, 신집을 추가 배향하였다. 묵정사로도 불린다.
경내의 건물로는 3칸의 사우와 5칸의 재실, 중앙의 신문과 양쪽 협문으로 된 정문 등이 있다. 사우에는 신덕린을 주벽으로 하여 6명의 위패가 봉안되어 있으며, 재실은 제향 때 제관들의 숙소로 사용하고 있다. 매년 3월 16일 향사를 지내고 있으며, 유물로는 신식이 명신들의 찬시를 모은 [찬졸재 시집] 4책 등이 있다. 바로 옆으로는 조선 전기 문신인 신숙주의 영정을 모신 묵정영당(청주시 상당구 낭성면 관정길 71-29)이 있다.