서원은 조선 중기 이후에 학문을 연구하고 공자와 훌륭한 유학자의 제사를 지내기 위하여 지역 사림에 의해 설립된 사설 교육 기관이다.
용문서원은 충남 공주시내 동쪽에 위치하고 있다. 이 서원은 1663년(현종 4) 이유태가 공주 중동(지금의 상왕동)으로 이주한 뒤 후학을 양성하기 위하여 세운 사립 교육기관으로서 이곳에서 수백 명의 문인을 육성하였다고 한다. 원래 명칭은 용문서재이며, 지금의 용문서원은 1977년 국가의 지원을 받아 고택과 함께 복원한 것이다. 사우 6칸, 신문 1칸, 좌우 협문 각 1칸, 장서각 6칸, 동재 6칸, 유물 전시관 8칸, 강당 8칸, 고사 1칸, 대문 3칸 등으로 이루어져 있다. 용문서원을 중심으로 왼쪽에 고택이 있다. 현재 사단법인 이초려기념사업회(초려는 이유태의 호)에서 소유하고 있으며, 이유태의 문중인 경주이씨 문헌공파 종가에서 관리한다. 이곳은 공주 이유태 유허지라 하여 2004년에 충청남도 문화재자료로 지정되었고, 이곳에서 발견된 이유태 관련 유물들도 문화재로 지정되어 공주대학교 박물관에서 소장하고 있다.
용문서원은 국도 23호선, 32호선에서 창벽로, 왕촌길, 중동골길을 통해 접근할 수 있으며, 고속도로는 당진영덕고속도로 서세종IC 및 남세종IC가 가깝다. 주변에는 공주 옥녀봉성, 은개골역사공원, 공산성, 금강자연휴양림 등이 있다.