문강공 은봉 안방준(1573~1654)은 호남을 대표하는 유학자로서, 20세에 임진왜란이 일어나 박광전과 함께 의병을 일으켰고, 정묘호란과 병자호란에도 격문을 띄워 근왕의 의기를 높이 세웠다.
대계서원은 효종 8년(1657) 지방유림의 공의로 안방준의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다.
그러나 이 서원은 중앙의 정치적 변화에 따라 훼철과 복설이 거듭되었으니, 숙종 17년(1691)에 안방준사우에 대한 훼철이 결정되어 이듬해 능주의 도산사와 함께 훼철되었으며, 그 뒤 1695년(숙종 21)에 이르러 복설되었다. 숙종 30년(1704) ‘대계(大溪)’라고 사액되어 사액서원으로 승격되었으며, 정조 4년(1780) 화재로 전소된 것을 1784년에 중건하였다. 그 뒤 흥선대원군의 서원철폐령으로 고종 5년(1868)에 훼철되어 복원되지 못하였다.