1697년(숙종 23)에 지방 유림의 공의로 망암 변이중의 덕행과 업적을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다. 그 뒤 1707년에 변경윤을, 영조 4년(1728)에 윤진, 변휴를 추가 배향하여 선현 배향과 지방 교육의 일익을 담당하였다. 고종 5년(1868)에 대원군의 서원철폐로 훼철되었다가 1974년 전라남도 유림에 의하여 복원되어 오늘에 이르고 있다. 경내의 건물로는 3칸의 종앙사, 내삼문, 7칸의 성경당, 4칸의 훈덕재, 4칸의 경의재, 외삼문 등이 있다. 1982년 전라남도 기념물로 지정되었으며, 1984년 2월 준공 때 변윤중을 추가 배향하였다.
망암 변이중은 임진왜란 때 화차 300대를 자비로 제작하여 그중 40대를 행주산성에 보내 행주대첩의 승리를 이루는 데 결정적인 기여를 하였으며, 경주 탈환전과 해상에서도 사용하였다고 한다. 봉암서원에 인접하여 변이중 유물전시관이 있다.