우곡 박신윤 선생의 효행과 학덕을 기리기 위해, 1702년(숙종 28) 향촌 사림들이 조정에 상소하여 운암사를 창건하였다. <경상도읍지>, <창원대도호부지>의 기록에 의하면 운암서원은 1702년 사당으로 건립되었다가, 1844년(헌종 10)에 서원으로 승격되었다. 1868년(고종 5) 서원철폐령으로 폐원되고 8년 뒤인 1876년(고종 13)에 중건되어 밀양박씨 문중의 재실로 사용되어 오다가 1949년부터 석채를 봉행하였다. 2004년 서원을 복원하고 제향 인물도 늘려 고려 때 판서를 지낸 송은 박익, 송은의 아들 박소, 임진왜란 때 공신인 박홍정을 추가 배향하였다. 박신윤을 위하여 사우 앞 동편에 따로 별묘를 설치하였다.
운암서원은 외삼문·강당·내삼문·사우가 남북으로 일직선상에 배치되어 있고 강당 앞 좌우에 동재와 서재가 있으며 사우 앞 동쪽과 서쪽에는 별묘와 전사청이 있어 전학후묘의 구조를 이룬다. 사우인 경현사 3칸, 강당 5칸, 동재인 권선재와 서재인 권학당 각 3칸, 내삼문·외삼문 각 3칸, 별묘와 전사청 각 3칸이며, 강당의 뒤편을 개폐식으로 설계하여 날씨가 안 좋을 때는 뒷문을 열고 사당에 참배할 수 있게 하였다.