고양시 행주산성로에 위치한 행주서원은 왜군을 무찌른 명장 충장공 권율 장군의 충절을 기리기 위해 세운 서원이다. 권율(1537∼1599) 장군은 조선 중기 문신이며 임진왜란 때 행주산성에서 왜적과 싸워 1만 명이 안 되는 군사로 3만 명의 왜군을 크게 무찔렀다. 이는 임진왜란 3대첩의 하나인 행주대첩이다. 권율 장군을 모시는 서원이 없자 1842년 헌종의 명령으로 창건한 서원으로 위폐를 모신 사당 기공사를 세웠다.
서원은 한국전쟁 당시 소실되어 지금은 사당과 강당만 남아 있는데 현판이 걸인 외삼문에는 양쪽에 행랑을 한 칸씩 두고 있고 그 앞에는 강당이 자리하고 있으며 그 위의 내삼문인 충의문을 들어서면 사당인 기공사가 자리하고 있다. 강당은 정면 5칸, 옆면 1칸 반의 홑처마 맞배지붕으로 구성되어 있으며 중앙 3칸은 우물마루로 되어 있고 양쪽에 1칸씩 온돌방을 배치하였다. 서원 안에 있던 행주대첩비는 1845년에 세운 것으로, 1970년 행주산성 내에 새로 지은 권율 장군의 사당인 충장사 옆으로 옮겨 놓았다.
행주서원은 미리 예약을 한 후에 서원 안을 둘러볼 수 있고, 평상시에는 바깥에서 담장 너머로만 볼 수 있다.