해남윤두서고택은 조선후기의 화가이자 문인인 공재 윤두서의 고택이다. 고산 윤선도가 큰아들을 분가시키고 살기 위해 풍수지리를 고려하여 이 가옥을 지었으나 바닷바람이 심하여 다른 곳으로 거처를 옮기고, 후에 증손인 윤두서가 이곳에서 살게 되었다고 전해진다. 윤두서는 현재 심사정, 겸재 정선과 함께 조선의 3재로 일컬어지는 선비 화가이다.윤두서고택은 조선 후기의 건축기법을 알 수 있는 유서깊은 전통주택이다. 이 고택이 언제 지어졌는지는 정확히 알 수 없으나 현종 11년(1670)에 지어졌고, 순조 11년(1811)에 중수한 것으로 추정하고 있다. 처음 건립했을 당시엔 문간채와 사랑채 등 48칸의 규모였으나 지금은 문간채와 사랑채는 없어지고, 안채와 곳간채, 헛간, 사당 등이 남아있다.