북한산성 가사당 암문 아래에 자리한 국녕사는 1713년 승병의 군영이라는 목적으로 창건된 사찰로 1711년에 북한산성 축성 이후 산성의 수비를 위해 창건한 13개 사찰들 중 하나이며 86칸 규모로 승려 청휘와 철선이 창건하였다고 전해진다. 당시 승군들은 북한산성 수비와 관리를 책임지는 막중한 역할을 하고 있었다. 그렇기 때문에 이들 승군이 머무를 수 있는 도량은 필수적이었다. 창건 이후 국녕사는 갑오경장으로 의승군이 폐지될 때까지 존속하였다. 그러나 이후 노역에 지친 많은 스님들이 떠나게 되어 한국전쟁 이후까지 폐허로 남게 되었다.
전하는 말에 의하면 [국녕사가 편안하면 나라가 편안하다]라고 한다. 한국전쟁 이후 보경 스님에 의해 법등을 다시 밝히게 된 국녕사는 1991년 화재로 소실이 되는 불운을 겪기도 하였다. 지금의 국녕사는 1998년 폐허를 딛고 가람을 중창한 것이어서 예전의 모습은 찾을 길 없다.