남양주시 와부읍 묘적산에 있는 남북국시대 통일신라의 승려 원효가 창건한 사찰이다. 대한불교조계종 제25교구 본사인 봉선사의 말사이다. 신라 문무왕(661∼681) 때 원효가 창건하였다 하나, 그 뒤 조선 초기까지 거의 폐허 상태로 방치되던 것을 세종 때 학열스님이 180여 칸을 지으며 중창하여 남북 군영을 세우고 무과 시험장으로 쓰기 시작했고, 세종실록, 연산국일기, 신증동여지승람 등의 문헌 기록에도 등장한다. 묘적사는 이처럼 국난을 지키기 위해 대비하던 사찰로서, 승병 양성 도량이었다. 임진왜란 때는 사명당이 승군을 훈련하는 훈련도감으로 사용하였으나 왜군들의 집중 공격을 여러 차례 받으며 결국 폐허가 되었다고 한다.
김교헌이 쓴 [묘적사 산신각창건기]에 의하면, 수백 년 동안 소규모의 사찰로 명맥만 이어오던 것을 1895년 봄 규오가 이 절에 와서 시주를 얻어 산신각을 짓고, 오랫동안 이 절에 있었던 산왕신상을 봉안하였다 한다. 1969년 주지 인구의 실화로 산신각, 큰방 등이 전소되었고, 1971년 주지 자신이 대웅전과 요사채를 중건하였으며 현존 당우로는 대웅전과 요사채가 있다.
묘적사 인근의 묘적사계곡은 남양주의 대표적인 명소로 시원한 물줄기와 아름드리 나무들이 무성해 여름이면 더위를 피해 많은 사람이 찾는 곳이다.