문수사는 대한불교조계종 제17교구 본사인 금산사의 말사이다. 642년(선덕여왕 11) 왕사 혜덕이 문수보살의 현몽으로 문수골에 창건하였다.
950년(광종 1) 화재로 전소되자, 957년 왕사 혜림이 원래의 장소에서 약 350m 거리에 있는 현 위치에 중창하였다. 당시 문수암이라고 쓴 현판이 날아와서 떨어진 곳에 중창하였다고 하며, 날아온 현판은 신필(神筆)이라 하여 절에서 보관하고 있다. 그 뒤 1705년(숙종 31) 몇 차례 중창하여 사찰의 면모를 갖추었다. 현존하는 당우로는 대웅전을 비롯하여 명부전, 산신각, 요사채 등이 있다.
절 앞에는 둘레 5m가 넘는 오래된 느티나무가 있는데 귀목이라고도 불린다. 이 나무는 고려시대 말 13세기에 무불스님이 이곳 사찰에서 문수보살을 친견하고 그 자리에 나무를 심은 것이라고 전한다. 근래에는 보호수로 지정하였고 신령한 나무여서 김제시에서는 매해 음력 정월 14일 밤에 목제를 지내며, 절에서도 산신제를 함께 드린다.