방어산 마애사에 있는 마애약사여래삼존입상은 암면을 깎아 새긴 마애약사불상과 협시보살상인데, 신라 애장왕 2년(801)에 만들어진 신라 하대의 가장 유명한 마애불이다. 불상은 8세기의 이상적 사실주의 경향의 불상들과는 다소 다른 면을 보여주고 있는데, 거구의 불상이지만 위장부적인 당당한 체구가 아닌 현실적인 장대성을 나타내고 있다. 이런 특징은 정적이며 침울하기까지 한 얼굴, 탄력감이 줄어진 신체 각부, 둥글기만 한 어깨, 밋밋한 가슴과 배 등에서도 보인다. 일광보살의 강렬한 인상과 월광보살의 온화하고 우아한 얼굴 등에서 이상적인 양식이 다소 보이지만, 전체적으로 보면 8세기의 긴장감과 활력이 넘치던 이상적 사실주의 양식에서 한 층 해이해지고 한 층 활력이 줄어든 현실적 사실주의 양식으로 이행되어 가던 변모 과정을 잘 보여주는 801년의 절대 연대를 가진 중요한 마애불상으로서 1962년 1월 21일 보물로 지정되었다.
입상의 전체 높이는 5m, 본존불상의 높이 2.85m, 좌협시상 높이 2.45m, 우협시상 높이 2.64m이며, 재료는 청석이다. 마애불은 암벽에 새긴 불상을 말하는 것으로, 한국을 비롯하여 인도·중국·일본 등에서 볼 수 있으며 수법도 양각·음각·선각 등 다양하다. 원래부터 바위를 매끈하게 다듬은 것이 아니었기 때문에 지금은 석질이 더욱 고르지 못하고 아랫부분은 탈락이 심하다.